پیشرفت کند اصلاحات
اقدامات جهت اصلاح کلیسا کندتر از بحث دربارهٔ تعاریف اصول دین پیش رفت. اسقف سان مارکو جلسهٔ ۶ ژانویهٔ ۱۵۴۶ را با شرح اندوهبار فساد و گمراهی جهانیان گشود و گفت علت آن همه تبهکاری و گناه، که مسلماً آینده نظیر آن را نخواهد دید، «تنها بداندیشی طبقهٔ روحانیان است»؛ به عقیدهٔ او بدعت لوتر عمدتاً نتیجهٔ گناهکاری روحانیان بود و از همین رو اصلاح روحانیان بهترین راه فرونشاندن آن طغیان دینی خواهد بود. اما تنها اصلاح اساسی که در جلسات ابتدایی شورای ترانت در مقررات کلیسایی انجام گرفت این بود که اسقفان را از اقامت بیرون اسقف‌نشین‌های خود و از داشتن چند مقام هم‌زمان منع کرد.
شورا به پاپ پیشنهاد کرد که اصلاح «سازمان توزیع عطایا و مزایا» بر مباحثات نظری دربارهٔ خط‌مشی‌های کلی مقدم شود. اما پاولوس می‌خواست هر اصلاحی موکول به اراده شخصی پاپ بماند؛ و هنگامی که امپراتور در لزوم شتاب بیشتر در طرح پیشنهادهای اصلاحی پافشاری کرد، پاپ به نمایندگانش دستور داد پیشنهاد کنند محل شورا به بولونیا ـ که از ایالات پاپی و زیر نفوذ و نظارت مستقیم رم بود ـ منتقل شود. اسقفان ایتالیایی موافقت کردند، اما نخست‌کشیشان اسپانیا و امپراتوری معترض بودند. طاعونی خفیف به‌موقع در ترانت شیوع یافت و یکی از اسقفان شورا را از پا درآورد؛ اکثریت ایتالیایی به بولونیا رفتند (مارس ۱۵۴۷) و بقیه در ترانت ماندند. شارل جلسات بولونیا را به رسمیت نشناخت و تهدید کرد شورایی جداگانه در آلمان تشکیل خواهد داد. پس از دو سال مجادله و معامله پاپ تسلیم شد و مجمع بولونیا را معلق ساخت (سپتامبر ۱۵۴۹).
یولیوس سوم شورا را دوباره می‌گشاید
مرگ پاولوس وضع را آسان کرد. یولیوس سوم، جانشینش، با امپراتور کنار آمد و شارل در عوض قول داد از هیچ اقدامی که به تضعیف سلطهٔ پاپی بینجامد پشتیبانی نکند. پاپ فرمان داد شورا در مه ۱۵۵۱ بار دیگر در ترانت تشکیل شود و موافقت کرد پیروان لوتر نیز نظرات خود را بیان کنند. هانری دوم، پادشاه فرانسه، که این نزدیکی پاپ و امپراتور را نمی‌پسندید، شورا را به رسمیت نشناخت. هنگامی که شورا گشایش یافت شمار نمایندگان چنان اندک بود که جلسه به تعویق افتاد. بار دیگر در اول سپتامبر با هشت اسقف اعظم، سی‌وشش اسقف، سه رئیس دیر، پنج فرمانده فرقه، چهل‌وهشت الاهی‌دان، یوآخیم دوم (برگزیندهٔ براندنبورگ) و سفیرانی از جانب شارل و فردیناند برپا شد.
پروتستان‌ها در ترانت
سیزدهمین جلسه (اکتبر ۱۵۵۱) نظریهٔ قلب ماهیت کاتولیک‌ها را تأیید کرد. دیگر شنیدن اظهارات پروتستان‌ها بی‌فایده می‌نمود، اما شارل پافشاری کرد. دوک وورتمبرگ و موریتس (برگزیندهٔ ساکس) و بعضی شهرهای جنوب آلمان هیئتی پروتستان به نمایندگی خود برگزیدند و ملانشتون طرحی از اصول عقاید لوتری را برای تقدیم به شورا تهیه کرد. شارل به هر یک از نمایندگان امان‌نامه‌ای داد، اما ایشان که خاطرهٔ شورای کنستانس و سرنوشت هوس را به یاد داشتند خواستند خود شورا نیز به ایشان امان‌نامه‌ای بدهد. (پاورقی کتاب یادآور می‌شود که شورای کنستانس امان‌نامهٔ یان هوس، پیشوای جنبش اصلاح دینی در چک، را به رسمیت نشناخت و او را به جرم بدعت‌گذاری دستگیر کرد و به مرگ رساند.) پس از مباحثات بسیار با درخواست موافقت شد. با این‌همه، یکی از فرایارهای دومینیکی هنگام موعظه در همان کلیسای جامعی که جلسات شورا در آن برگزار می‌شد گفت که گرچه ممکن است تا چندی وجود تخم‌های بدعت را تحمل کرد، عاقبت باید آن‌ها را یکسره در آتش نابود ساخت.
در ۲۴ ژانویهٔ ۱۵۵۲ نمایندگان پروتستان شورا را مخاطب قرار دادند. پیشنهاد کردند: احکام شوراهای کنستانس و بال، بر پایهٔ برتری شوراها بر پاپ‌ها، تأیید شود؛ اعضای حاضر از التزام به سوگند وفاداری به یولیوس سوم آزاد شوند؛ همهٔ تصمیم‌هایی که تا آن زمان به تصویب رسیده بود لغو شود؛ و دربارهٔ همهٔ مسائل مورد بحث سینودی عمومی‌تر، با شمار کافی نماینده پروتستان، از نو وارد مذاکره شود. یولیوس سوم رسیدگی به این پیشنهادها را اکیداً ممنوع کرد. شورا رأی داد تصمیم دربارهٔ آن مواد به جلسهٔ ۱۹ مارس موکول شود که قرار بود شمار بیشتری از نمایندگان پروتستان در آن شرکت کنند.
تعلیق شورا
در این فاصله وقایع نظامی مهمی روی داد که الاهیات را پشت سر گذاشت. در ژانویهٔ ۱۵۵۲ پادشاه فرانسه با پروتستان‌های آلمان پیمان اتحاد بست؛ در مارس موریتس، برگزیندهٔ ساکس، به سوی اینسبروک لشکر کشید. شارل گریخت و نیرویی نماند که از حملهٔ احتمالی موریتس به ترانت و قلع‌وقمع شورا جلوگیری کند. اسقفان یکی‌یکی ناپدید شدند و شورا در ۲۸ آوریل رسماً تعطیل شد. بر پایهٔ پیمان پاساو (۲ اوت ۱۵۵۲) فردیناند به پروتستان‌های پیروز آزادی مذهبی عطا کرد و ایشان دیگر به سرنوشت شورا اعتنایی نکردند.
پاولوس چهارم صلاح دانست که شورا در زمان فرمانروایی‌اش به خواب زمستانی فرو رود. اما پیوس چهارم، پیرمردی مهربان، به این فکر خود را دلخوش ساخت که اگر آیین عشای ربانی را هم بر اساس عقیدهٔ کاتولیک‌ها و هم بر اساس نظر پروتستان‌ها مجاز بشمارد، شاید آتش نفاق فرو بنشیند. از اعضای شورا خواست در ۶ آوریل ۱۵۶۱ در ترانت گرد آیند و همهٔ شاهزادگان مسیحی، کاتولیک و پروتستان، را برای شرکت دعوت کرد. نمایندگان فرانسه فهرستی هراس‌انگیز از اصلاحات مورد نظر آورده بودند، از جمله آزادی برگزاری قداس به زبان بومی، اجرای عشای ربانی با نان و شراب، اجازهٔ ازدواج کشیشان، تبعیت مقام پاپ از مصوبات شوراهای عمومی، و لغو اختیار پاپ در اعطای معافیت‌ها و مصونیت‌های دینی.
مرحلهٔ پایانی ۱۵۶۲–۱۵۶۳
ظاهراً دولت فرانسه در آن زمان طرز تفکری شبیه عقاید هوگنوها در پیش گرفته بود. فردیناند اول، که اکنون به مقام امپراتوری رسیده بود، این پیشنهادها را تأیید کرد و موارد زیر را بر آن افزود: «پاپ ... باید فروتنی را شعار خود سازد، اصلاح دینی را از شخص خود آغاز کند و سپس آن را به سازمان اداری، دربار و سراسر قلمرو پاپی‌اش گسترش دهد»؛ افسانه‌های قدیسان باید از خرافات پاک شود؛ و صومعه‌ها باید بر اساسی تازه استقرار یابند «تا ثروت هنگفت آن‌ها دیگر مانند سابق به اسراف خرج نشود». اوضاع برای پیوس هلاکت‌بار می‌نمود و نمایندگانش با ترس‌ولرز منتظر گشایش شورا بودند.
پس از تأخیرهای استراتژیک، هفدهمین جلسه در ۱۸ ژانویهٔ ۱۵۶۲ با شرکت پنج کاردینال، سه بطرک، یازده اسقف اعظم، نود اسقف، چهارده فرمانده فرقه، چهار رئیس دیر و شماری از نمایندگان غیرروحانی شاهزادگان کاتولیک برپا شد. به درخواست فردیناند مقرر شد به هر نماینده پروتستان که بخواهد در مذاکرات شرکت کند امان‌نامه‌ای داده شود؛ اما هیچ داوطلبی پیدا نشد.
اسقف اعظم غرناطه و کاردینال شارل دو لورن رهبری مشاوره دربارهٔ کاهش امتیازات پاپ را بر عهده گرفتند و گفتند اسقف‌ها مقام روحانی خود را از پاپ نمی‌گیرند، بلکه این «حق الاهی» است که بی‌واسطه از جانب خداوند به ایشان تفویض می‌شود؛ و اسقف سگوویا یکی از بدعت‌های لوتر، یعنی انکار برتری مقام پاپ بر اسقفان دیگر، را چنان‌که در آغاز کلیسا مرسوم بود آشکارا تکرار کرد. این شورش اسقفانه بر ضد قدرت پاپ به سبب مهارت نمایندگان پاپ در فنون پارلمانی، وفاداری اسقفان ایتالیایی و لهستانی به پاپ و نیز ادب‌دانی‌های به‌موقع پاپ نسبت به کاردینال شارل دو لورن خنثی ماند. در پایان شورا اقتدار پاپ کاهش نیافت، بلکه افزایش یافت؛ و مقرر شد همهٔ اسقفان سوگند فرمانبرداری نسبت به شخص پاپ یاد کنند. فردیناند نیز به وعدهٔ اینکه پس از شورا پاپ اجازهٔ اجرای آیین قربانی مقدس را به هر دو شیوهٔ کاتولیک و پروتستان بدهد خاطر خود را آسوده ساخت.
مصوبات پایانی
به‌محض آنکه این مناقشهٔ اصلی از میان رفت، شورا با شتاب بقیهٔ وظایفش را سر و سامان داد و به پایان رساند. ازدواج کشیشان ممنوع ماند و برای جلوگیری از صیغه‌گرفتن آنان کیفرهای سخت مقرر شد. بسیاری اصلاحات کوچک برای جلوگیری از فساد اخلاقی و بی‌انضباطی روحانیان اجرا شد. قرار شد مدرسه‌هایی برای پرورش داوطلبان کشیشی و عادت‌دادن ایشان به سختی‌های زهد و دینداری دایر شود. قدرت‌های سرکش دربار پاپی مهار شد و مقرراتی برای اصلاح موسیقی و هنر کلیسایی وضع گردید؛ از جمله اینکه پیکره‌های برهنه باید به اندازهٔ کافی پوشیده باشند تا خیالات شهوانی را برنینگیزند. دربارهٔ پرستش قدیسان و اولیای دین، استفاده از تصاویر و مجسمه‌هایی که نمایندهٔ ایشان بود مجاز دانسته شد. اعتقاد به برزخ، آمرزش‌نامه‌ها و توسل به قدیسان تصویب شد و تعاریف تازه‌ای برای آن‌ها عرضه گردید.
در این مورد شورا صادقانه اعتراف کرد که زیاده‌روی‌های کلیسا آتش طغیان لوتر را برافروخته بود. یکی از احکام چنین می‌گفت:
در مورد آمرزش گناهان و عرضهٔ آمرزش‌نامه‌ها از طرف مقامات روحانی ... شورا حکم می‌کند هر سود تباهکارانه‌ای که از این راه عاید کلیسا شده کلاً به دور ریخته شود و اساس این سودجویی تأسف‌آور در جهان مسیحیت از میان برود. شورا هر یک از اسقفان را مکلف می‌سازد که در محدودهٔ اسقف‌نشین خود هر نوع بی‌نظمی و اخلالی را که بر اثر جهل، خرافه‌پرستی، بی‌حرمتی، سودجویی و دیگر خلاف‌کاری‌های خدام کلیسایی روی می‌دهد به دقت بررسی کنند و گزارش آن‌ها را نخست به سینودهای ایالتی و سپس، با موافقت اسقفان دیگر، به پونتیفکس رم تقدیم دارند.
انحلال شورا
پاپ و امپراتور اینک توافق کردند که شورا خدمات سودمند خود را به پایان رسانده است؛ و در ۴ دسامبر ۱۵۶۳، در میان هلهلهٔ شادی نمایندگان فرسوده از بحث، شورای جامع ترانت منحل شد. اکنون خط‌مشی کلیسا برای قرن‌ها تعیین شده بود.