ملکه‌ای در کشاکش با شوهر
ملکه از دست شوهرش در رنج بود. دارنلی از اعتماد دوبارهٔ ماری به ارل آو ماری و ستایش روزافزونش از باثول خشمگین بود. شایع شده بود که باثول قصد دارد شاهزادهٔ نوزاد را پنهان کند و به نام او حکومت کند. دارنلی اعیان را به قتل ریتسیو متهم می‌کرد و خود را بی‌گناه می‌خواند، و آنان در پاسخ مدرک شرکت او در توطئه را نزد ملکه فرستادند. در همین هنگام آرگایل، لثینگتن و باثول به ماری پیشنهاد کردند شوهرش را طلاق دهد. او نپذیرفت و گفت این کار ممکن است در آینده سلطنت فرزندش را به خطر بیندازد. لثینگتن پاسخ داد که راهی پیدا می‌کنند تا بی‌آسیب به پسر او از شر دارنلی خلاص شوند. ماری این پیشنهاد را هم رد کرد و در عوض حاضر شد از اسکاتلند برود و سلطنت را به دارنلی واگذارد. گفتگو را با خواهشی محتاطانه تمام کرد: «امیدوارم کاری نکنید که لکه‌ای بر شرافت یا وجدان من بنشیند. پس بگذارید قضیه همین‌جا بماند و منتظر باشید خداوند با لطف خود چاره‌ای بیابد.» پس از آن بارها از ناامیدی و آرزوی مرگ سخن گفت.
در اکتبر ۱۵۶۶ یا نزدیک به آن، آرگایل، سر جیمز بلفور و شاید لثینگتن پیمان بستند که از دارنلی رها شوند. ارل آو لنکس از توطئه باخبر شد و به پسرش هشدار داد، و دارنلی که دور از ماری می‌زیست در دسامبر ۱۵۶۶ در گلاسکو به پدر پیوست. آنجا بیمار شد، احتمالاً به آبله، هرچند شایع شد که به او زهر داده‌اند. در این میان دوستی روزافزون ماری با باثول دستمایهٔ بدگویی شد و ناکس در ملأ عام با سخت‌ترین کلمات اخلاق او را محکوم کرد. ظاهراً ماری از اسقف اعظم همیلتن خواسته بود وسایل جدایی باثول از همسرش را فراهم کند. وقتی ملکه خواست شوهر را ببیند، دارنلی پاسخی توهین‌آمیز فرستاد، اما ماری در ۲۲ ژانویهٔ ۱۵۶۷ به دیدنش رفت، وفاداری‌اش را تأکید کرد و مهر او را دوباره برانگیخت. سپس از او خواست به ادنبورگ بیاید و قول داد آنجا از او پرستاری کند و سلامت و خوشبختی‌اش را به او بازگرداند.
نامه‌های جعبه جواهر
اینجاست که ماجرای «نامه‌های جعبه جواهر» پیش می‌آید، و ادامهٔ داستان به درستی آن‌ها بستگی دارد، پرسشی که پس از چهارصد سال هنوز محل بحث است. می‌گویند این نامه‌ها در جعبه‌ای سیمین یافت شد که ماری آن را به باثول هدیه داده بود. عوامل اشرافی که قصد خلع ملکه را داشتند آن را در ۲۰ ژوئن ۱۵۶۷ از یکی از خدمتکاران باثول گرفتند و روز بعد مورتن، لثینگتن و دیگر اعضای شورا جعبه را گشودند.
محتویات آن، چنان‌که بعد به پارلمان اسکاتلند و سپس به هیئت انگلیسی‌ای که در ۱۵۶۸ ماری را محاکمه کرد نشان داده شد، هشت نامه و چند قطعه شعر پراکنده بود، به فرانسوی، بی‌تاریخ و بی‌امضا، اما گفته می‌شد ماری آن‌ها را برای باثول نوشته است. اعضای شورا در برابر پارلمان سوگند خوردند که نامه‌ها اصیل است و دست‌نخورده مانده، در حالی که ماری می‌گفت جعل شده‌اند. ظاهراً پسرش آن‌ها را اصیل می‌دانست، چون نابودشان کرد و فقط رونوشت‌هایی باقی مانده است. پادشاهان اروپا که رونوشت‌ها را دیدند چنان رفتار کردند که گویی اصل‌اند. الیزابت در آغاز تردید داشت، اما بعد با تردید آن‌ها را از ماری دانست.
نخستین احساس ما از خواندن این نامه‌ها این است که چطور زنی که در پی کشتن شوهرش است، مقاصدش را با این بی‌احتیاطی و به این تفصیل در نامه‌هایی بنویسد که به قاصدانی سپرده می‌شود که ممکن است دستگیر یا تطمیع شوند. نگه داشتن چنین نامه‌های محکوم‌کننده‌ای از سوی باثول هم بعید است، و به نظر نمی‌رسد کسی در اسکاتلند، حتی لثینگتن زیرک که در این ماجرا بیش از همه مظنون است، توانسته باشد در یک روز، میان ضبط جعبه و نشان دادن آن به شورا یا پارلمان، بخش عمدهٔ آن‌ها را جعل کند. نامهٔ دوم، که بیش از همه ماری را متهم می‌کند، عجیب طولانی است و ده صفحهٔ چاپی را پر می‌کند. اگر جعل شده باشد، جعل شگفتی است، چون محتوایش با احساسات ماری می‌خواند و خطش شبیه خط اوست، و ماری را شریکی رقت‌انگیز، مردد و شرمسار در مرگ دارنلی نشان می‌دهد.
کرک اوفیلد
پادشاه بیمار، نگران و امیدوار پذیرفت که با تخت‌روان از سراسر اسکاتلند بگذرد و در خانهٔ قدیمی کشیشان به نام کرک اوفیلد در حومهٔ ادنبورگ بماند. ماری می‌گفت نمی‌تواند او را به هولیرود ببرد، چون می‌ترسد کودکش هم به آبله مبتلا شود. دارنلی دو هفته آنجا ماند و ماری هر روز به دیدنش می‌رفت و چنان با دقت از او پرستاری کرد که بهبود یافت. دارنلی در ۷ فوریهٔ ۱۵۶۷ به پدرش نوشت: «با مراقبت ملکه زودتر سلامتم را بازیافتم و او در تمام این مدت چون همسری طبیعی و غمخوار رفتار کرده است. امیدوارم خداوند دل‌های ما را که مدت‌ها آشفته بود شاد و خشنود کند.» اگر ماری می‌دانست دارنلی باید کشته شود، چرا هفته‌ها بالین او نشست؟ این هنوز معماست. شامگاه ۹ فوریه ملکه او را ترک کرد تا در هولیرود در عروسی یکی از ندیمه‌هایش شرکت کند.
همان شب انفجاری محل اقامت دارنلی را ویران کرد و روز بعد جسدش را در باغ یافتند.
ماری در آغاز چون زنی بی‌گناه رفتار کرد. اشک ریخت و سوگواری کرد، به انتقام از گناهکاران قول داد، اتاقش را با پارچهٔ سیاه پوشاند، نور را بیرون راند و در تنهایی و تاریکی فرو رفت. سپس دستور داد تحقیقات آغاز شود و اعلام کرد هر که اطلاعی بدهد که به دستگیری جانیان بینجامد پول و زمین می‌گیرد. وقتی اعلان‌هایی بر دیوارهای شهر پدیدار شد که باثول را به قتل دارنلی متهم می‌کرد و نام ملکه را هم می‌آورد، ماری اعلامیه‌ای داد و از متهم‌کنندگان خواست خود را معرفی کنند و به آنان قول حمایت و پاداش داد. نویسندگان نام خود را آشکار نکردند، اما ارل آو لنکس به ملکه اصرار کرد باثول را فوراً به دادگاه بکشاند. باثول آمادگی خود را اعلام کرد و در ۱۲ آوریل به دادگاه آمد، اما لنکس، یا از کمبود مدرک یا از ترس سربازان باثول، در گلاسکو ماند. باثول تبرئه شد و پارلمان رسماً بی‌گناهی او را اعلام کرد. باثول در ۱۹ آوریل آرگایل، هنتلی، مورتن و چند تن دیگر از اشراف را واداشت «سوگندنامهٔ اینزلی» را امضا کنند که بی‌گناهی او را گواهی می‌داد، آنان را به دفاع از او متعهد می‌کرد و ازدواجش با ماری را می‌پذیرفت. ملکه اکنون آشکارا باثول را مورد لطف قرار داد و هدایای گران‌بهای تازه‌ای بر آنچه پیشتر به او بخشیده بود افزود.
باثول و سقوط
در ۲۳ آوریل ملکه برای دیدن فرزندش به استرلینگ رفت، اما مقدر بود دیگر او را نبیند. در بازگشت به ادنبورگ سربازان باثول که در کمین او بودند گرفتارش کردند و به زور به دانبار بردند (۲۴ آوریل). لثینگتن اعتراض کرد و باثول تهدیدش به مرگ کرد. ماری او را نجات داد و آزادی‌اش را فراهم آورد، ولی او به صف دشمنان ملکه پیوست. در دانبار گفتگو برای طلاق همسر باثول آغاز شد. در ۳ اوت (کتاب اوت می‌گوید، اما رویدادهای ژوئن که در پی می‌آید نشان می‌دهد مقصود مه است) ماری با باثول به ادنبورگ بازگشت و خود را از هر قیدی آزاد دانست. در ۷ اوت باثول زنش را طلاق داد و در ۱۵ اوت، پس از آنکه کشیش کاتولیک حاضر نشد آن دو را به عقد هم درآورد، با آیین پروتستان و با موافقت اسقف اورکنی، که پیشتر کاتولیک بود، ازدواج کردند.
کشورهای کاتولیک اروپا که پیشتر طرفدار ماری بودند اکنون با نفرت و ناامیدی از او روی گرداندند. روحانیان کاتولیک اسکاتلند کناره گرفتند، کشیشان پروتستان خواستار خلع او شدند و مردم نفرت خود را نشان دادند. تنها عده‌ای که دلشان به حال او می‌سوخت شیفتگی بی‌پروای او را نتیجهٔ معجون عشقی می‌دانستند که شایع بود باثول به او خورانده است.
در ۱۰ ژوئن عده‌ای مسلح قلعهٔ بارثویک را، که ماری و باثول در آن بودند، محاصره کردند. ماری با لباس مردانه همراه باثول گریخت. در دانبار باثول هزار سرباز گرد آورد و کوشید همراه ماری راه ادنبورگ را باز کند، اما نیرویی همتای او با پرچمی که پیکر دارنلی و جیمز ششم نوزاد بر آن نقش بود راه را بست. باثول حاضر شد قضیه را با نبرد تن به تن پایان دهد، اما ماری مانعش شد و به شرط آنکه باثول بتواند بگریزد تسلیم شد؛ بعد ادعا کرد سران شورشی به او قول داده بودند اگر به آنان بپیوندد از او اطاعت کنند. باثول به ساحل و از آنجا به دانمارک گریخت و پس از ده سال زندان به فرمان پادشاه آن کشور، در چهل و دو سالگی درگذشت (۱۵۷۸).
ماری را دستگیرکنندگانش در میان فریاد سربازان و مردم عادی، که ناسزا می‌گفتند و مرگش را می‌خواستند، به ادنبورگ بازگرداندند. در ۱۷ ژوئن او را، با وجود اعتراض شدیدش، به زندانی امن‌تر در جزیره‌ای در لاخ لیون، پنجاه کیلومتری شمال پایتخت، منتقل کردند. به گفتهٔ کلود ناو، منشی ملکه، ماری آنجا نابهنگام فرزندی را از دست داد (از جزئیات می‌گذریم). از فرانسه یاری خواست، اما آن دولت حاضر به مداخله نشد. الیزابت اما به فرستادهٔ خود دستور داد از ماری حمایت کند و به اعیان بگوید اگر به ملکه آسیب برسانند به کیفر می‌رسند. جان ناکس اعدام ماری را خواست و پیش‌بینی کرد اگر جان او را ببخشند، خداوند اسکاتلند را به طاعونی هولناک گرفتار خواهد کرد. در ۲۰ ژوئیه اشراف نامه‌های جعبه جواهر را در جای امنی نهادند. ملکه از پارلمان دادرسی خواست، اما نمایندگان نپذیرفتند و بهانه آوردند که آن نامه‌ها تکلیف او را به اندازهٔ کافی روشن کرده‌اند. در ۲۴ ژوئیه ماری استعفانامهٔ خود را امضا کرد و ارل آو ماری نایب‌السلطنهٔ پسرش شد.
لاخ لیون و گریز
ماری نزدیک به یازده ماه در لاخ لیون زندانی بود، اما رفته‌رفته مراقبت از او سبک‌تر شد و می‌توانست با خانوادهٔ ویلیام داگلس، کوتوال قلعه، غذا بخورد. برادر جوان او عاشقش شد و وسایل فرارش را فراهم آورد (۲۵ مارس ۱۵۶۸). او را گرفتند، اما ماری در ۲ مه توانست دوباره بگریزد.
زیر حمایت داگلس جوان پا به خشکی نهاد و شماری از کاتولیک‌ها از او استقبال کردند. سراسر شب تا فورث، شاخهٔ کوچکی از دریا، تاختند و پس از عبور از آن به خانهٔ خاندان همیلتن پناه بردند. ظرف پنج روز شش هزار تن که سوگند خورده بودند او را دوباره بر تخت بنشانند آنجا گرد آمدند. اما ارل آو ماری پروتستان‌های اسکاتلند را به برگرفتن سلاح فراخواند. دو سپاه در لنگساید، نزدیک گلاسکو، به هم رسیدند و ارتش بی‌تجربهٔ ماری شکست خورد. او دوباره گریخت و سه شبانه‌روز دیوانه‌وار تا دیر داندرنان در کنار سالوی، شاخهٔ کوچک دیگری از دریا، تاخت. آنجا الماسی را که الیزابت به او داده بود با این پیام پس فرستاد: «این جواهر را، که نشان دوستی و یاری ملکه است، به او بازمی‌گردانم.» در ۱۶ مه ۱۵۶۸ ماری با قایق ماهیگیری روباز از سالوی گذشت و سرنوشت خود را به دست رقیبش سپرد.